Les ressources du FISAN sont constituées par :
- La dotation initiale de l’Etat ;
- Les subventions annuelles de l’Etat ;
- Les frais d’agence prélevés sur les subventions accordées aux bénéficiaires par l’Etat et les Partenaires Techniques et Financiers ;
- Les contributions des PTF
- Les subventions des personnes morales et physiques de droit public ou privé ;
- Les dons et legs légalement autorisés ;
- Les emprunts auprès des institutions nationales et internationales ;
- Les revenus de ses biens et les produits de cession autorisées des éléments de son patrimoine
- Les produits de toutes taxes et redevances instituées au profit du Fonds.